Mencakup peguruan tinggi Islam negeri di bawah Kementerian Agama yang berbentuk Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN), perguruan tinggi kedinasan yang dikelola oleh Departemen/Kementerian atau Lembaga Pemerintah Non Departemen lainnya (misalnya: perguruan tinggi swasta maupun perguruan tinggi Islam swasta), yang masing-masing mempunyai daftar tersendiri.
Sesuai Undang-undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, perguruan tinggi dapat berbentuk Universitas, Institut, Sekolah Tinggi, Politeknik, atau Akademi.
Provinsi Aceh
- Universitas Syah Kuala (UNSYIAH)
- Universitas Iskandar Muda (UNIDA)
- Universitas Muhammadiyah (UNMUHA)
- IAIN Ar-Raniry
- Universitas Malikussaleh (Lhokseumawe)
- Universitas Abulyatama (Kota Baro, Aceh Besar)
- Sekolah Tinggi Ilmu Kehutanan (STIK)
- Politeknik Negeri Lhokseumawe
Provinsi Sumatera Utara (Sumut)
- Universitas Negeri Medan
- Universitas Sumatera Utara(USU)
- IAIN Sumatera Utara
- IKIP Medan
Provinsi Sumatera Barat (SUMBAR)
- Universitas Andalas (UNAND)
- IKIP Padang
- IAIN Imam Bonjol
Provinsi Riau
- Universitas Riau ( UNRI )
- IAIN Sultan Syarif Kasim
Provinsi Kepulauan Riau (KEPRI)
Provinsi Jambi
- Universitas Negeri Jambi (UNJAM)
- Insititut Agama Islam Negeri (IAIN) Sultan Tahaha Syarifuddin
Provinsi Sumatera Selatan (SUMSEL)
- Universitas Sriwijaya (UNSRI)
- IAIN Raden Fatah
Provinsi Bangka Belitung (BABEL)
Provinsi Bengkulu
- Universitas Bengkulu (UNIB)
- Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN)
Provinsi Lampung
- Universitas Lampung (UNILA)
- IAIN Radin Inten
Provinsi DKI Jakarta
- Universitas Indonesia (UI)
- Universitas Negeri Jakarta (UNJ)
- Universitas Bhayangkara Jakartaraya (UBHARA)
- Universitas Satyagama
- Universitas Mpu Tantular
- Universitas Gunadarma
- UniversitaS Islam As-Syafi'yah (UIA)
- Universitas Islam Jakarta (UIJ)
- Universitas Jayabaya
- Universitas Muhammadiyah Jakarta (UMJ)
- Universitas Suryadarma
- Universitas Bina Nusantara (UBINUS)
- Universitas Kristen Indonesia (UKI)
- Universitas 17 Agustus 1945 (UNTAG)
- Universitas Tarumanegara (UNTAR)
- Univeritas TRISAKTI
- Institut Kesenian Jakarta (IKJ)
- Institut Ilmu Al-Quran (IIQ)
- Institut Sains dan Tehnologi Nasional (ISTN)
Provinsi Jawa Barat (JABAR)
- Universitas Padjajaran (UNPAD)
- IPB (Institut Pertanian Bogor)
- Universitas Indonesia Depok (UI Depok)
- Institut Teknologi Bandung (ITB)
- STT Telkom
- Universitas Pendidikan Indonesia (UPI)
- Universitas Nurtanio (UNNUR)
- Institut Tehnologi Adityawarman
- Institut Tehnologi Nasional (ITENAS)
- Universitas Maranatha
- Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN- Cirebon)
Provinsi Banten
- Universitas Sultan Ageng Tirtayasa
- Universitas Islam Negeri (UIN)
Provinsi Jawa Tengah (JATENG)
- Universitas Diponegoro (UNDIP)
- Universitas Jendral Soedirman,
- Universitas Sebelas Maret
- IAIN Wali Songo
- Universitas Negeri Semarang (UNES)
- Sekolah Tinggi Seni Indonesia (STSI)
Provinsi Daerah Istimewa (DI) Yogyakarta
- Universitas Gajah Mada (UGM)
- Universitas Negeri Yogyakarta (UNY)
- IKIP Yogyakarta
- Institut Seni Indonesia(ISI)
- IAIN Sunan Kalijaga
Provinsi Jawa Timur (JATIM)
- Universitas Airlangga
- Universitas Negeri Surabaya
- Universitas Brawijaya
- Universitas Negeri Malang
- Institut Teknologi Surabaya (ITS)
- IAIN Sunan Ampel
Provinsi Bali
- Universitas Udayana
- Universitas Warmadewa (UNWAR)
- Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Pariwisata
Provinsi Nusa Tenggara Barat (NTB)
- Universitas Mataram (UNRAM)
Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT)
- Universitas Nusa Cendana
Provinsi Kalimantan Barat (KALBAR)
- Universitas Tanjung Pura (UNTAN)
Provinsi Kalimantan Tengah (KALTENG)
- Universitas Palangkaraya (UNPAR)
Provinsi Kalimantan Selatan (KALSEL)
- Universitas Lambung Mangkurat (UNLAM)
Provinsi Kalimantan Timur (KALTIM)
- Universitas Mulawarman (UNMUL)
Provinsi Sulawesi Utara (SULUT)
- Universitas Sam Ratulangi (UNSRAT) dan IKIP Manado
Provinsi Sulawesi Barat (SULBAR)
Provinsi Sulawesi Tengah (SULTENG)
- Universitas Tadulako (UNTAD)
Provinsi Sulawesi Tenggara (SULTRA)
- Halu Oleo (UNHO)
Provinsi Sulawesi Selatan (SULSEL)
- Universitas Hasanuddin (UNHAS)
- Universitas Negeroi Makassar
Provinsi Gorontalo
- Universitas Negeri Gorontalo
- IAIN Sultan Amay Gorontalo
Provinsi Maluku
- Universitas Pattimura (UNPAT)
Provinsi Maluku Utara
Provinsi Papua Barat
Provinsi Papua
Provinsi Kalimantan Utara (KALTARA)
- Universitas Borneo Tarakan
- Universitas KALTARA Tanjung Selor